Ngày 7 tháng 9 năm 1975, Tòa Thánh công bố quyết định bổ nhiệm linh mục Stêphanô Nguyễn Như Thể làm Giám mục hiệu tòa Tipasa,[9] chức vị Tổng giám mục phó Tổng giáo phận Huế.[10] Khẩu hiệu Giám mục của ông là "Pro Mundi vita" (Để cho trần gian được sống).[3][4] Lễ Tấn phong Giám mục được cử hành ngày 7 tháng 9 năm 1975 tại nhà thờ chính tòa Phủ Cam, do Tổng giám mục Philipphê Nguyễn Kim Điền chủ phong, với hai Giám mục Phêrô Maria Phạm Ngọc Chi và Phanxicô Xaviê Nguyễn Quang Sách phụ phong.[8][11]

Ngày 23 tháng 11 năm 1983, Tòa Thánh chấp thuận đơn xin hồi hưu vì lý do sức khỏe của Tổng giám mục phó Nguyễn Như Thể.[4][8][12] Từ năm 1984 đến năm 1994, ông nghỉ dưỡng và hoàn toàn không tham gia các sinh hoạt mục vụ Công giáo.[12] Ngày 9 tháng 1 năm 1992, Giáo hoàng Gioan Phaolô II bổ nhiệm Tổng giám mục Thể làm thành viên của Hội đồng Tòa Thánh về Đối thoại Liên tôn.[13] Ông là vị Giám mục đầu tiên của Việt Nam được bổ nhiệm làm Thành viên ở một cơ quan Trung ương của Tòa Thánh.[4] Ông đã tham dự khóa họp của Hội đồng diễn ra từ ngày 9 đến 13 tháng 11 năm 1992 tại Rôma.[12]